A governança da Acats, de acordo com o seu Estatuto, é formada por seus órgãos dirigentes e de apoio à gestão.
Os órgãos dirigentes compreendem a Assembleia Geral, constituída por todos os associados efetivos, sendo órgão supremo e soberano em suas decisões; o Conselho Diretor, composto de 20 membros; o Conselho Fiscal, composto de seis membros (três efetivos e três suplentes); e a Diretoria Executiva, composta pelo Presidente Executivo, Vice-presidente Executivo, Vice-presidente Institucional, Vice-presidente Administrativo Financeiro, Vice-presidente de Recursos Humanos e Qualidade, Vice-presidente de Marketing e Eventos e Vice-presidentes Regionais, em número variável, podendo ser ampliado ou reduzido por meio de homologação do Conselho Diretor.
Os órgãos de apoio à gestão da Associação são compostos pela Equipe Executiva, Assessoria Jurídica, Assessoria Tributária e Assessoria de Comunicação, bem como outras Assessorias que, a critério da Diretoria Executiva, assim entender necessárias.
Anualmente os associados efetivos se reúnem em Assembleia Geral para tomar conhecimento do Relatório e prestação de contas da Diretoria Executiva; e bienalmente para a eleição dos Conselhos Deliberativo e Fiscal e Diretoria Executiva. Também podem ocorrer Assembleias Extraordinárias, para tratar de assuntos específicos.